Die Anfänge der ehemals eigenständigen Seelsorgestelle waren in der Penzliner Synagoge. Nach dem Brand der Synagoge zog die Gemeinde in die Villa Carola an der heutigen Adresse um. Die provisorische Kapelle wurde durch Zuzug zu klein, sodass schließlich 1966 mit ihrem Umbau begonnen wurde. Die neue Heilig-Geist-Kirche wurde am 25.05.1969 durch Weihbischof Bernhard Schräder geweiht. Die gesamte künstlerische Innenausstattung und die Buntglasfenster wurden von Diakon Horst Elsner geschaffen.

Das Patrozinium der Kirche wird zu Pfingsten gefeiert.